Поскольку каталог alt-entites прописан в /etc/xml/catalog как nextCatalog, его дергают каждый раз при разрешении public/system IDs. По этой причине alt-entities неоправданно попадают в BuildRequires. Чтобы этого избехать, нужно создать файл %_sysconfdir/buildreq/files/ignore.d/alt-entities с таким содержимым: ^/usr/share/xml/alt-entities/catalog\.xml$
Добавил в сборку alt-entities-0.6-alt1 проверьте, пожалуйста.
В сборке alt-entities-0.6-alt2 исправлен путь к buildreq файлу. Должно быть не /etc/buildreq а /etc/buildreqs