/usr/share/aclocal-1.16/python.m4: m4_define_default([_AM_PYTHON_INTERPRETER_LIST], [python python2 python3 dnl Предлагаю переместить python в самый конец списка (или убрать), а python2 поставить после python3.
Иначе configure, построенный на AM_PATH_PYTHON, всегда находит первым делом python2. С другой стороны, можно управлять этим в configure.ac, выставляя минимальную версию в AM_PATH_PYTHON([2.7]