В lazarus при работе с проектом (сохранение, открытие) обнуляется содержимое *.lpr файла, что делает невозможным запуск программы. Надо либо исправить этот баг (на программах сложнее hello world возникает стабильно), либо обновить до версии lazarus 0.9.26 (+fpc 2.2.2).
*** This bug has been marked as a duplicate of bug 17792 ***