Меню XFCE показывает как .desktop, так и .menu-файлы. При этом .desktop-файл отрабатывает нормально, а вот при выборе пункта из файла menu открывается просто терминал без программы. Предлагаю удалить из пакета файл /usr/lib/menu/gnuplot.menu
4.2.5-alt2 ушло
Исправлено.