IMHO kde4utils-kgpg должна иметь зависимость на пакет pinentry-qt. Иначе нельзя воспользоваться kgpg из kmail, причём без наводящих на мысль поставить этот самый пакет ошибок.
Не, они не связаны. kde4utils-kgpg запускает gpg, который у нас gpg-1, а kmail умеет (умел недавно во всяком случае) без pinentry. Проблема, возможно, в существовании ~/.gnupg/gpg-agent.conf
Т.е. его необходимо убрать?
Нет, убирать не надо. Просто к kgpg не имеет отношения. Зависимость если ставить, то в другом пакете. А-а-а, еще и в kmail не работает, а не только импорт сертификатов? Это где-то в другом месте по любому.