Если мы установим на загрузчик нехэшированный пароль: set superusers="user" password user password То обычный пользователь сможет его "подсмотреть". Наверное, стоит сменить права на файл настроек на 700 (а может и на всю директорию /etc/grub.d)
Просто необходимо использовать хэшированный пароль.