Тестовые стенды;

education-10-x86-64
education-10-x86-64-kde
kworkstation-10-x86-64
workstation-10-x86-64
server-10-x86-64

Версия пакета: mousepad-0.5.9-alt1

Шаги для воспроизведения ошибки:

1. Запустить Mousepad
2. Перейти Правка -> Настройки -> Окно
3. Выбрать опцию "новые окна" или "новые вкладки в новом окне" настройки "Для открытия файлов использовать:"
4. Открыть файл используя Файл -> Открыть или Файл -> Открыть последние"

Ожидаемый результат:

Файл откроется в соответствии с выбранными настройками в новом окне, как это происходит, если открывать файл через файловый менеджер. 
Если выбрана опция "открывать файл в новой вкладке", то файлы открываются во вкладках как из программы, так и из файлового менеджера.

Получаемый результат: файлы, открываемые из программы, игнорируют выбранные настройки и всегда открываются в новых вкладках.