Предлагаю сделать в нашем apt операцию upgrade не самостоятельной, а вторым названием операции dist-upgrade -- чтобы переходящим с дебиана было проще (там исторически не менялся граф зависимостей в рамках стабильной ветки, насколько понимаю; равно как и в шляпе, чтобы обновление выполнялось rpm -Fvh *.rpm).