Так получилось, что на одной из моих систем /etc/apt/sources.list был пустым -- я удалил оттуда комментарий, который там присутствует изначально. Так система жила и спокойно обновлялась пару недель, а потом я настроил на ней hasher и получил:

[user@loongargh ~]$ hsh --init
[... skip ....]
mkaptbox: apt-config: broken Dir::Etc::SourceList: /etc/apt/sources.list

mkaptbox действительно проверяет что этот файл не пуст. Странно, ведь с точки зрения apt это валидная конфигурация.

Добавил в этот файл один перенос строки в качестве workaround'а, так работает.